Năm Đại Minh thứ 8 (464), Hiếu Vũ Đế băng hà. Thái tử Lưu Tử Nghiệp nối ngôi, tức Lưu Tống Tiền Phế Đế. Vương hoàng hậu được tôn thành Hoàng thái hậu. Con trai bà là người bạo lực và bốc đồng, bao gồm cả việc thảm sát nhiều đại thần cấp cao. Ngoài ra, Lưu Tử Nghiệp còn là người hoang dâm, bị nghi ngờ có quan hệ mờ ám với người chị cả Sơn Âm công chúa Lưu Sở Ngọc.

Mùa thu năm đó, Vương Thái hậu lâm bạo bệnh. Bà triệu kiến Tiền Phế Đế đến để nhìn mặt. Tuy nhiên, Tiền Phế Đế đã từ chối vì cho rằng trong phòng của người bệnh sẽ có những hồn ma. Thái hậu tức giận và nói với các hầu gái: "Hãy đem một thanh kiếm đến và mổ ta ra, để xem làm thế nào con thú vật này ra khỏi được ta!". Bà qua đời ngay sau đó.

Vương Hiến Nguyên được an táng với Hiếu Vũ Đế, thụy hiệu là Văn Mục hoàng hậu (文穆皇后).